Sejak itu, insiden teror di Indonesia mulai terjadi seperti pengeboman sejumlah gereja di malam Natal pada 2000. Serangan teror itu dilakukan oleh Jemaah Islamiyah.
Hambali pun mulai menjadi buronan se-Asia Tenggara karena menjadi pemimpin Jemaah Islamiyah setelah Abdullah Sungkar wafat. Ia kian dicari setelah mendalangi serangan Bom Bali I dan Bom Hotel J.W Marriot Jakarta setahun setelahnya.
Hambali kemudian kabur ke Thailand pada 2003. Dia berhasil ditangkap oleh kepolisian Thailand di apartemennya di Ayutthaya.
Usai ditangkap, Hambali dibawa dan diinterogasi oleh Badan Intelijen Amerika Serikat (CIA) di fasilitas pemeriksaan mereka di Yordania. Pada 2006, Hambali dibawa pihak berwenang AS ke penjara Guantanamo dan ditahan sampai saat ini. (der/zul)