Semuanya bermula ketika Sir Thomas Stamford Raffles, seorang gubernur jenderal di Pulau Jawa pada tahun 1811 hingga 1816, melaporkan eksistensi reruntuhan kuno yang menyebar luas di daerah tersebut.
Namun, saat itu, situs ini masih ditutupi oleh hutan jati yang lebat, sehingga sulit untuk melakukan survei lebih lanjut.
Tidak butuh waktu lama bagi pemerintah setempat untuk menyadari pentingnya melindungi artefak bersejarah di Trowulan dari tangan-tangan pencuri dan penjarah.
Sebagai langkah awal, mereka memutuskan untuk membangun sebuah gudang sederhana untuk menyimpan benda-benda peninggalan arkeologi tersebut.
Gudang ini kemudian menjadi cikal bakal dari Museum Trowulan yang kita kenal sekarang.
Transformasi Menjadi Museum Modern
Pada tahap selanjutnya, gudang penyimpanan tersebut mengalami perluasan area dan diubah menjadi sebuah museum yang lebih modern.
Transformasi ini dilakukan oleh Kanjeng Adipati Ario Kromodjojo Adinegoro, yang menjabat sebagai Bupati Mojokerto, dan arsitek asal Belanda, Henri Maclaine Pont.